D. Bosco, penetrato da questi pensieri così atti a commuovere un'anima piena di fede, si avvicinò alla cattedra di S. Pietro e, dopo averle rinnovato l'atto del suo ossequio, volse il passo verso la parte meridionale della Basilica e osservò altre tombe di Pontefici, esaminò le sontuose cappelle e gli altari, specialmente quello della Vergine della Colonna, così detto per l'immagine di Maria Santissima dipinta sopra una colonna dell'antica basilica Costantiniana.

 Nell'innalzare la nuova basilica per preservarla dall'umidità ne fu elevato il piano; quindi si lasciò intatto il pavimento della chiesa Costantiniana [863]: come pure la parte più bassa di essa per tre metri e mezzo, con tutte le colonne in piedi troncate al punto ove stan loro sopra i voltoni.

 Provò il nome di Vaticanum provenire dalla parola Vagitanum, in quanto che Pallante era la divinità che presiedeva ai vagiti dei bambini; quindi passò a parlare del colle Vaticano al tempo dei Romani, del circo fabbricato da Nerone, del luogo della sepoltura di S. Pietro fatta da S. Lino, S. Marcello, S. Apuleio e S. Anacleto, e descrisse l'origine e la storia della Basilica Costantiniana..

 Tutti questi oggetti furono tolti dalla Basilica Costantiniana, che ora forma come i sotterranei di quella che visitava D. Bosco, e nei quali si vedono, sulle pareti, immagini di santi dipinte indubbiamente nel secolo IV, altri affreschi dei secoli successivi fino all'XI, ed una Madonna col bambino sulle ginocchia del secolo IX. Quanti errori dei protestanti vide D. Bosco essere confutati dai monumenti di questa doppia basilica!.